Istoria mănăstirii rupestre se cunoaşte foarte puţin, neştiindu-se data precisă a întemeierii şi cine sunt întemeietorii. Nici chiar cercetătorii din domeniu n-au ajuns încă la o părere unanimă privind perioada întemeierii acestei chinovii. Ea rămâne blândă şi tăcută în aşteptarea unor timpuri mai bune, când istoria ei zbuciumată, dar şi glorioasă, va fi cunoscută şi elogiată de toată lumea creştină.
Mănăstirea terestră, fiind o ctitorie călugărească, a fost întemeiată în anul 1776 de către Schimonahul Vartolomeu Ciungu (anii de viaţă – 1739-1798, Ciungu nu este numele de familie, ci doar un apelativ). Câte ceva despre viaţa stareţului Vartolomeu aflăm din inscripţia, ce însoţea portretul lui, descoperit în trapeza mănăstirii „Sf. Treime” Rudi de către inginerul-arhitect Nicolae Ţiganco, portret, ce mai târziu dispare fără urmă. Iată această inscripţie, tradusă din limba ucraineană în română în anul 1928: „… în 1739 în ziua 23 a lunii decembrie a avut loc naşterea trupească, /a/ numitu/lui/ Vasile, /din/părintele preot Teodor şi maică Pelagheia. În anul 1760 în ziua de 2 a lunii mai în oraşul Savran gubernia Podoliei, fiind logodit şi mergând la logodnica sa pentru a se căsători, Vasile fusese pe neaşteptate rănit cu un glonţ în mâna stângă, iar la an 1766 … a lunii mai a părăsit patria sa şi a venit în Moldova. An 1776 în luna martie ziua 25 a intrat în Saharna. Nu era nimic, era acolo un loc pustiu, a clădit biserica, chilii, ogradă şi altele”.
Există unele momente, care ne permit să presupunem că până a începe construcţia noii mănăstiri, Vartolomeu cu o mică comunitate de călugări trăiseră în mănăstirea din stâncă. Însă viaţa în acel loc era foarte anevoioasă şi părintele Vartolomeu hotărăşte construcţia unei mănăstiri terestre, care ar fi fost şi aproape de căile de comunicare din localităţile apropiate, şi aşezată într-un loc unde liniştea călugărilor nu avea să fie tulburată prea mult de forfota lumească. Era destul de dificil să găseşti un asemenea loc şi după cum spune tradiţia că se cuvenea unui bun călugăr şi creştin, înainte de începerea lucrărilor, Vartolomeu trăieşte 40 de zile de post şi rugăciune, pentru a milostivi pe Dumnezeu şi sfinţii, ca să fie ajutat în alegerea cât mai reuşită a unui loc pentru construcţia mănăstirii. Legenda spune, că la a 40-ea zi de rugăciune, el a avut o revelaţie. I s-a arătat Preasfânta Fecioară Maria, Născătoarea de Dumnezeu, care era înconjurată de foc ceresc şi i-a arătat locul, unde, după voia Celui Preaînalt, trebuia să construiască locaşul monahal închinat Sfintei Treimi. Acest loc era colina de la poalele celor trei dealuri. Minunea a avut loc pe stânca cu numele Grimidon (nume, ce i-a fost dat mai târziu) şi, ca dovadă a alegerii divine, Maica Domnului a lăsat încrustată în piatră urma piciorului Ei. Această urmă se poate vedea şi astăzi în capela, ce este construită în cinstea acestui fapt pe stânca Grimidon.
Părintele Vartolomeu a început construcţia mănăstirii şi a chivernisit-o până în anul 1798, când la conducerea ansamblului chinovial i-a urmat Egumenul Paisie.
Despre moşia, pe care este construit satul şi mănăstirea se ştiu următoarele. Prima atestare documentară este din 24 ianuarie 1495, când Ştefan cel Mare întăreşte prin uric împărţeala între urmaşii lui Sima Rugină, printre care şi satul Saharna, menţionează istoricul Vladimir Nicu. Apoi timp de peste o sută de ani istoria nu ne lasă nici o mărturie despre această localitate. Abia la 24 februarie 1602, voievodul Ieremia Movilă, după moartea vornicului Bucium, aprobă ca satul Saharna şi o treime din moşie să rămână în posesia văduvei Antemia şi a feciorilor ei. La 23 martie 1733 Saharna devine proprietatea boierului Constantin Hrisoverghi. În anul 1783 băneasa Maria Calimah dăruieşte de zestre moşia Saharna nepoatei sale, Smaranda, fiica lui Enache Hrisoverghi, danie ce a fost întărită cu carte domnească în anul 1785 de către Alexandru Ioan Mavrocordat. În 1795 stolnicul Enache Hrisoverghi înzestrează schitul Saharna cu 120 desetine de pământ, ce sunt dăruite nelegal şi din care pricină, credem, s-a iscat o mică neînţelegere între comunitatea condusă de Vartolomeu şi posesoarea de drept a moşiei, adică Smaranda. Această mică neînţelegere se întăreşte şi mai mult când, în 1798, soţia lui Hrisoverghi, spătăreasa Ancuţa, face o dăruire repetată a moşiei Saharna, care de data aceasta este dăruită de zestre surorii mai mici a Smarandei, Mărioara. Pentru rezolvarea acestor mici conflicte în care erau implicaţi familia Hrisoverghi şi stareţul Vartolomeu, în anul 1800 are loc o judecată, care o face pe Smaranda posesoarea moşiei Saharna. Tot atunci, în prezenţa boierilor Divanului şi a Mitropolitului Moldovei se încheie o înţelegere între stareţul Mănăstirii şi stăpâna moşiei, lucru ce este confirmat mai târziu de scrisoarea Smarandei adresată stareţului, semnată cu data de 24 noiembrie 1804. Prin postulatele de la sfârşitul scrisorii mănăstirea este luată sub ocrotirea directă a stăpânului moşiei, pe care a fost întemeiată (aceste postulate şi salvează mănăstirea de la desfiinţare în 1842, când este desfiinţată abuziv mănăstirea Horodişte şi transformată în schit subordonat mănăstirii Saharna).
În anul 1818 se încep lucrările de construcţie a bisericii de vară (devenită mai târziu biserică centrală), care se încheie în 1821, deja sub conducerea Egumenului Tarasie. Biserica este sfinţită în acelaşi an în cinstea Sfintei Treimi, se presupune că de către Mitropolitul Veniamin COSTACHI. „Se presupune” pentru că nu s-a păstrat nici o pisanie (inscripţie făcută pe pereţii interiori sau exteriori ai unui locaş de cult ortodox, care conţine informaţia privind întemeietorii şi ctitorii locaşului dat, precum şi arhiereul de care a fost sfinţit) sau document autentic, care ar mărturisi despre acest lucru.
În anul 1837, în timpul stăreţiei Egumenului Onisifor, s-a renovat catapeteasma bisericii, care se ştie că era şi ea foarte frumoasă, împodobită cu icoane valoroase (la închiderea mănăstirii din 1964 aceste icoane au dispărut fără urmă). Tot în acelaşi an se mai construieşte un corp de case din piatră. Printr-o directivă din 11 octombrie 1838, egumenul Tarasie, care timp de 19 ani fusese stareţ al mănăstirii Saharna, a trecut pe un an la mănăstirea Hârbovăţ, pentru a „orândui lucrurile” (Arhiva Naţională, fond. 208, inventar 2, dosar 2053). În anul 1842 decedează subit egumenul Onisifor şi după regulă se face un act de transmitere a patrimoniului următorului ales pentru a fi superiorul mănăstirii, anume părintele Tovie. Actul conţinea 54 de puncte, în enumerarea cărora se cuprindea: Gramota Sfântului Sinod, două icoane de mare valoare, 13 tablouri acoperite cu sticlă, Cuvântarea lui Cicero, un cufăr frumos ornamentat, 4 cai pentru trăsură, diferită veselă… Din neştiinţa şi posibil şi neglijenţa călugărilor localnici, în anul 1843 mănăstirea a trecut prin pericolul de a fi sărăcită de obiectele vechi şi de mare preţ, de care dispunea, de către nişte anticari din Podolia Ucrainei. A fost salvată de agentul financiar Alexie Kliuceariov din Kameneţ, care, la 30 martie 1843, a expediat pe numele guvernatorului Basarabiei, Pavel Fyodorov, o scrisoare, în care îi povesteşte despre josniciile puse la cale de nişte funcţionari din guvernământul Podoliei. Guvernatorul Fyodorov trimite, la rândul lui, această scrisoare arhiepiscopului Dimitrie Sulima, care a luat măsurile cuvenite, ca nimic din lucrurile mănăstirii să nu se înstrăineze.
Manastirea Rupestra din s. Saharna
În anul 1857, sub conducerea părintelui-stareţ Serafim, se restaurează mănăstirea rupestră, care ajunsese într-o stare avansată de deteriorare. La 21 decembrie 1869, stareţul Vladimir adresează o scrisoare Consistoriului (organ gubernial administrativ şi disciplinar în conducerea Bisericii) rugând să i se permită tăierea şi comercializarea a 60 desetine de pădure din moşia mănăstirii „pentru a îmbunătăţi situaţia financiară”. În urma acestei operaţii, la 20 decembrie 1871 pe contul mănăstirii au fost vărsate 4918 ruble de argint (AN, f. 208, in. 4, dos. 885).
Pentru că în mănăstiri slujbele se oficiază în fiecare zi, iar biserica de vară nu avea (şi nici nu are) un sistem autonom de încălzire, s-a hotărât construcţia unei biserici de iarnă. Lucrarea se înfăptuieşte în anul 1883. S-a construit o biserică nu prea mare, sub formă pătrată, în stil arhitectural moldovenesc. Este sfinţită în cinstea Naşterii Maicii Domnului (ziua îngerului 8/21 septembrie).
Prin actul din 2 iunie 1894, mănăstirea Saharna dă unter-ofiţerului Vasile Francovski în arendă pentru 6 ani moara de apă de la schitul Horodişte contra unei plăţi de 25 ruble anual (AN, f. 208, in. 4, dos. 2040). La 27 iunie 1896, stareţul Nicodim cere, printr-un demers, permisiunea Consistoriului de a deschide pe moşia mănăstirii o carieră de extragere a cotileţilor, care „o să aducă mare profit”. „În prezent, scrie el, mănăstirea are bonuri de 8000 de ruble în instituţiile creditare, dispune de 430 puduri de grâu, 110 puduri de porumb, 60 puduri de orz şi 120 puduri de culturi boboase” (AN, f. 208, in. 4, dos. 2041).
În anul 1900 s-a renovat mănăstirea rupestră de către locuitorii Saharnei Ipolit Terleţki şi Vasile Corneanu, renovare, care a afectat aspectul interior şi cel exterior al mănăstirii. Atunci a fost demolat peretele natural dintre biserică şi chiliile ce îi erau alăturate, ridicându-se pereţi noi din “cotileţi” (blocuri de piatră calcaroasă de forme regulate). La 4 octombrie 1903, stareţul-ieromonah Iosif depune la Consistoriu o cerere, prin care roagă să i se permită să cheltuiască 1700 ruble “pentru a cumpăra o batoză cu paravic şi minoc” (AN, f. 208, in. 4, dos. 2703). În aceeaşi perioadă a anilor 1900-1911, când mănăstirea a fost condusă de stareţii Iosif şi Inochentie, au fost ridicate o moară (astăzi nu mai este), o magazie şi arhondaricul (casa de oaspeţi). Potrivit informaţiei incluse de Zamfir Ralli-Arbore în prestigioasa sa lucrare „Dicţionarul Geografic al Basarabiei”, în 1904 „…mănăstirea Saharna posedă 420 desetine de pământ. Are o populaţie de 20 de călugări, toţi moldoveni. Are o bibliotecă de cărţi româneşti şi slave. Liturghia se oficiază în două limbi. În bibliotecă se află următoarele cărţi vechi rare: un Evanghelion tipărit la Lipsca în 1722, un alt exemplar din 1743; Irmologhion din 1775; Cinul de înmormântare a preoţilor de mir, tipărit în anul 1650 pe timpul Mitropolitului Ştefan şi al lui Matei-Vodă; Învăţămintele lui Dositheiu, în limba slavă, tipărit la 1628; un Iconion tipărit la Vâlna în 1618”. În 1913 mănăstirea a fost vizitată de publicistul şi scriitorul rus V.V.Rozanov, care era o bună cunoştinţă a moşieresei Eugenia Apostolopulo. Rozanov a fost atât de impresionat de locurile noastre, încât a publicat cu lux de amănunte câteva articole despre călătoria sa.
După anul 1918 mănăstirea şi-a schimbat statutul, devenind “de maici”. Când mănăstirea a avut acest statut, a avut-o ca stareţă pe maica Valentina, care din cauza provenienţei sale conduce cu comunitatea nu prea multă vreme, fiind mai apoi nevoită să părăsească Basarabia şi să se refugieze în România împreună cu cele două nepoate ale sale, care făcuseră noviciatul în mănăstire. Se crede că anume în acei ani Mănăstirea Saharna a purtat numele “Regina Maria” în cinstea Majestăţii Sale, Regina Maria a României. Mai apoi, în funcţia de maică superioară a fost aleasă Egumena Militina, care a fost şi ea o bună conducătoare şi chivernisitoare a sfântului lăcaş saharnean, dovadă fiind numărul mare de maici, care trăiau aici: aproximativ 70.
Prin anul 1950 mănăstirea ajunsese la înflorire maximă, fiind una din cele mai bine amenajate şi cuvios împodobite lăcaşuri de cult monahale din ţara noastră, dar nu pentru mult timp, pentru că în 1964, în timpul regimului sovietic, mănăstirea este închisă şi transformată într-un spital de psihiatrie. Tot avutul şi podoabele mănăstirii sunt devastate şi nimicite fără milă. Chiliile călugăreşti sunt amenajate ca saloane de spital, biserica de vară este transformată în depozit, iar cea de iarnă – în casă de cultură. Anume în timpul când mănăstirea a fost ocupată de instituţia spitalicească, pe teritoriu a mai fost construită o clădire, care îndeplineşte astăzi rolul de trapeză pentru nevoitorii sfintei mănăstiri.